В галактике идёт война между Республикой и сепаратистами. Канцлер Палпатинбыл захвачен во время дерзкого рейда на Корускант заместителя командующего Сепаратистов Генерала Гривуса. Рыцарь-джедай Энакин Скайуокери магистр-джедай Оби-Ван Кенобипытаются освободить канцлера. После схватки с графа Дукуи освобождения канцлера они попадают в плен к Генералу Гривусу и доставляются на капитанский мостик. Энакин и Оби-Ван освобождаются из плена, но Гривус убегает и оставляет джедаев и канцлера в ловушке на повреждённом терпящем крушение крейсере. Энакин с трудом сажает корабль на Корусант.

После возвращения Энакин встречает свою жену, Падме Амидалу, которая сообщает ему, что беременна. Несмотря на беспокойства Падме об их тайном браке, Энакин очень рад этой новости, и пара строит планы о своих детях. Энакина мучают кошмары о смерти Падме во время родов, видения похожи на те, что он видел перед смертью своей матери. Позже Оби-Ван сообщает Энакину, что совет джедаев просит его следить за канцлером, так как они подозревают его в предательстве. Энакин обижен этим предложением, ибо всегда считал Палпатина своим учителем. Будучи представителем совета джедаев в совете республики, Энакин постепенно развивает с канцлером близкую дружбу. Палпатин сеет в душе Энакина недоверие к джедаям. Также он утверждает, что слышал о возможности предотвращать смерть. Эта новость заинтересовывает Энакина, который хочет препятствовать осуществлению своих видений.

Оби-Вана посылают на планету Утапау, где он находит и убивает Генерала Гривуса. В это время на Корусанте Энакин в одночасье понимает, что Палпатин - Владыка СитховДарт Сидиус. Палпатин рассказывает Энакину о могуществе тёмной стороны силы и умоляет использовать его знания, чтобы спасти Падме. Энакин собирается выдать его совету джедаев. Узнав от Скайуокера страшную правду, магистр-джедай Мэйс Виндус тремя джедаями пытается арестовать Палпатина. После короткого боя в котором погибают его спутники Винду обезоруживает Палпатина. Когда в офис впывается Энакин, он видит, что Винду хочет убить канцлера. Энакин обезоруживает Винду, веря, что только Палпатин знает путь к спасению его жены. Сидиус обрушивает на Винду энергетический вихрь, выбрасывая его в окно. Энакин присягает на верность Сидиусу, тот даёт ему ситхскоеимя Дарт Вейдер. Он приказывает Вейдеру уничтожить всех джедаев в храме , а затем отправиться на Мустафари убить всех лидеров Сепаратистов. Палпатин, используя запрограммированую в клонах директиву, называемую Приказ 66, отдает им приказ истребить всех джедаев. Все джедаи в галактике погибают, кроме Йодыи Оби-Вана.

Дарт Вейдер убивает всех молодых джедаев в Храме Джедаев. После этого он приходит к Падме и пытается убедить её, что джедаи пытались предать Республику устроив переворот. Затем он улетает на Мустафар, где убивает лидеров Сепаратистов. Сенатор Бэйл Органавстречается с Оби-Ваном и Йодой и доставляет их в храм джедаев. Палпатин сообщает сенату о заговоре джедаев с целью свергнуть Республику и говорит, что Республика будет превращена в галактическую Империю. В храме джедаев Оби-Ван и Йода посылают сигнал всем джедаям спасаться. Оби-Ван просматривает записи службы безопасности и видит, как Энакин убивал джедаев в храме и докладывал об этом Сидиусу. Йода и Оби-Ван решают вступить в бой с ситхами, но Йода запрещает Оби Вану идти против Сидиуса, отправляя его против Вейдера. Он встречается с Падме, которая не может поверить, что Энакин перешёл на тёмную сторону. Когда она улетает на Мустафар, Оби-Ван скрытно пробирается на борт её корабля.

Йода отправляется в здание сената, чтобы сразиться с Дартом Сидиусом. В ходе поединка Сидиус спасается. Обезоруженный Йода успевает спастись от смерти с помощью сенатора Органы. Разочаровавшись в самом себе, Йода решает отправиться в изгнание. Дарт Сидиус, чувствуя, что владыке Ведеру угрожает опасность улетает на Мустафар.

Оби-Ван Кеноби и Дарт Вейдер сражаются на Мустафаре.

Амидала прилетает на Мустафар и встречает Вейдера. Падме умоляет Энакина бросить всё и остаться с ней, но он отказывается — веря, что он сможет свергнуть Палпатина, заявляя что он и Падме вместе будут управлять Галактикой. Вейдер видит, как с корабля Падме спускается Оби-Ван и решает, что Падме предала его. В ярости, используя Силу, он душит её до потери сознания. Оби-Ван и Вейдер вступают в яростную битву. В ходе поединка противники нечаяно отключают систему защиты, лава поднимается всё выше и выше. Река лавы разделяет Вейдера и Оби-Вана. Несмотря на риск Вейдер прыгает к Оби-Вану, пытаясь атаковать, и Оби-Ван отсекает ему руку и ноги. Вейдер падает на берег лавовой реки его одежда загорается, он горит заживо. Оби-Ван улетает с Мустафара захватив раненую Падме и меч Энакина. На планету прибывает Дарт Сидиус, забирая с собой Энакина, находящегося на грани смерти.

Падме оказывают медицинскую помощь, и хотя она физически здорова, её желание жить пропало: она умирает. Тем не менее, медицинские дроиды спасают её детей — двойняшек, мальчика и девочку. Перед смертью Падме даёт им имена Люки Леяи просит Оби-Вана спрятать их от Энакина.

На Корусантев тело Энакина вживляют кибернетические протезы и имплантанты. Вейдера одевают в чёрную броню, которая позволяет ему выжить. Когда Вейдер спрашивает Императора Палпатина о состоянии Падме, тот отвечает, что Вейдер сам убил её, будучи в гневе. В страшной ярости Вейдер кричит и уничтожает дроидов и оборудование в комнате, пока Сидиус наблюдает за ним со зловещей улыбкой на лице.

На борту Тантива IV Оби-Ван, Йода и Бэйл Органасоглашаются держать детей в секрете. Оби-Ван и Йода будут следить и ждать, когда дети Скайуокера смогут встать на борьбу с Ситхами. Лею забирают на Алдераан, чтобы жить с королевой и Бэйлом Органа, а Люка увозят на Татуин к Оуэнуи Беру. Ситхи победили, но надежда всё ещё осталась…