Ядовитый газ (Диоксис)наполняет комнату с Квай-Гоном и Оби-Ваном.

События в фильме происходят в 32 году до я. б.за десять лет до начала войн клонови являются своеобразной прелюдией к возвышению зла в Галактике. В начале фильма двое рыцарей-джедаев — учитель Квай-Гон Джинни его ученик Оби-Ван Кеноби, назначаются послами для разрешения торгового спора между могущественной Торговой Федерациейи периферийнойпланетой Набу. Переговорам не суждено состояться, поскольку возглавляемые наместникомНуте Ганроемпредставители Торговой Федерации, выполняя указание своего нового владыки — Тёмного повелителя ситхов Дарт Сидиуса, — пытаются убить послов и уничтожают доставивший их корабль. Однако джедаям удаётся отбиться от боевых дроидов и бежать на Набу на борту посадочного транспорта Федерации C-9979.

На поверхности планеты джедаи встречают местного жителя — забавного лопоухого гунганаДжар-Джар Бинкса, изгнанного своими соплеменниками за неуклюжесть. Джар-Джар отводит своих новых друзей в подводный город гунганов Ото-Гунга, где они встречаются с гунганским правителем Босс Нассом. Босс Насс отказывается выступить против высадившихся на Набу боевых дроидов, но соглашается передать джедаям подводную лодку, на которой они, сопровождаемые Джар-Джаром, добираются до столицы планеты. Одновременно Торговая Федерация нападает на столицу Набу Тиди захватывает в плен четырнадцатилетнюю королеву Падме Амидалу. Джедаи спасают Амидалу и вместе с ней улетают с Набу, в надежде добраться до столицы Галактической республики — Корусанта, всё ещё надеясь на мирное решение проблемы. Корабли Федерации наносят серьёзные повреждения кораблю Амидалы, но проведённый астродроидом R2-D2ремонт позволяет ему спастись.

По пути корабль вынужден остановиться на починку на отдалённой пустынной планете Татуин. Здесь Джедаи встречают Энакина Скайуокера, девятилетнего мальчика, находящегося вместе со своей матерью Шми Скайуокерв рабстве у тойдарианцаУотто, но обладающего необыкновенно мощной Силойи отлично разбирающегося в технике. Чувствуя Силу, Квай-Гон Джин решает, что мальчик является известным по древним пророчествам Избранным, призванным восстановить равновесие Силы и уничтожить ситхов.

Благодаря победе Энакина в опасных гонках на подах джедаи получают от Уотто необходимые детали для ремонта корабля и освобождают мальчика из рабства. Энакин покидает Татуин вместе с Падме, которая производит на мальчика неизгладимое впечатление, и джедаями — Квай-Гон собирается представить его джедайскому совету и обучить владению Силой. Между тем, Тёмный повелитель ситхов отправляет своего ученика-ситха Дарт Молна поиски королевы и джедаев. Дарт Мол и Квай-Гон впервые встречаются в коротком бою как раз перед посадкой на корабль.

Прибыв на Корусант, Квай-Гон докладывает джедайскому совету о таинственных событиях и представляет магистрам-джедаям Энакина. Джедаи приходят к выводу о возрождении ордена ситхов, но отказываются обучать мальчика, считая его слишком взрослым. Корусант, погрязший в бюрократии, не может решить проблему с Набу из-за нерешительности канцлера Финиса Велорума. Поэтому, по призыву королевы Амидалы, поддавшейся на уговоры представителя Набу в Сенате сенатора Палпатина, бывшего канцлера снимают с должности, избрав на его место таинственного Палпатина. Королева Амидала не может больше ждать и решает лично справиться с Торговой Федерацией. Джедаи сопровождают королеву, когда та вновь отправляется на Набу.

На Набу Падме Амидала обращается за помощью к гунганам, соглашающимся выставить свою армию, чтобы помочь выбить дроидов Торговой Федерации из столицы. Пока гунганская армия сражается с дроидами и танками Федерации за чертой города, джедаи вместе с Амидалой отбивают дворец. В это время юный Скайуокер, случайно оказавшись в звездолёте-истребителе, попадает в самую гущу космического сражения, где он взрывает главный командный центр Торговой Федерации, обездвижив её армию.

Квай-Гон и Оби-Ван сражаются с Дартом Молом.

Когда кажется, что победа уже близка, появляется ученик повелителя ситхов — Дарт Мол, и джедаи вынуждены сражаться с ним. В нелегкой схватке Квай-Гон погибает, но Оби-Ван, почти побеждённый, все же сражает ситха, разрубив его пополам. Перед смертью учитель Оби-Вана успевает попросить его сделать Энакина джедаем, и в конце фильма Кеноби становится учителем мальчика.

Призрачная тень нависает над Галактикой — тёмные ситхивозвращаются.