Галактическая Республиканаходится в кризисе. Сепаратистское движение, возглавляемое джедаем-отступником Графом Дуку, угрожает миру в галактике. Сенатор Падме Амидала, бывшая королева Набу, возвращается в галактический сенат, чтобы проголосовать против создания армии Республики. Во время прибытия на Корускант, её пытаются убить, взорвав её корабль. Обеспокоенный этим событием, канцлер Палпатинприставляет для охраны к Амидале рыцарей-джедаев Оби-Вана Кенобии его ученика Энакина Скайуокера. В ту же ночь, Зэм Веселл, охотница за головами, снова пытается убить Падме. Попытка снова не удается, Оби-Ван и Энакин ловят Вессел, но не успевают допросить, её поражает дротик неизвестного убийцы. Совет джедаев назначает Оби-Вана для расследования убийства, а Энакина — для защиты Амидалы во время её возвращения на родную планету Набу. Энакин рад заданию, так как ранее ему приходилось выслушивать критику Оби-Вана, а теперь выполняет поручение один, к тому же он, наконец, какое-то время сможет находиться рядом с Падме. В отсутствие Амидалы, обязаности Сенатора от Набу принимает на себя Джар Джар Бинкс.

Расследование приводит Оби-Вана на планету Камино, где он узнаёт, что здесь уже долгое время готовится армия клонов для Республики. Жители планеты сообщают ему, что заказ на создание армии разместил джедай по имени Сайфо Диасдесять лет назад. Образцом для создания клонов стал охотник за головами Джанго Фетт, попросивший создать ему особого клона, без ускорения роста и изменения сознания, которого он назвал Боба Фетт. Оби-Ван подозревает, что Джанго и есть убийца и пытается доставить его для допроса на Корускант. Джанго Фетту удаётся сбежать на своём корабле, но Оби-Ван успевает установить на корабле жучок, который приводит его на планету Геоносис.

В это же время Энакин и Падме прибывают на Набу, где Энакин признается Амидале в любви. Падме сопротивляется, объясняя это тем, что им нельзя быть вместе — она уважаемый сенатор, а он рыцарь-джедай, которому нельзя быть женатым. Энакина мучают сны о смерти его матери и вместе с Падме, он, ведомый сердцем, направляется на Татуин. Там он узнает, что его мать была захвачена в плен тускенскими разбойниками. Энакин находит свою мать в лагере тускенов, но она умирает у него на руках. Ослеплённый злобой и ненавистью, он убивает всех тускенов в лагере.

На Геоносисе Оби-Ван узнаёт, что граф Дуку и вице-король торговой федерации Нут Ганрейстроют новую армию дроидов, и что именно Ганрей заказал убийство Падме Амидалы. Оби-Ван передаёт эту информацию Энакину, чтобы тот переслал её в совет джедаев, но сам попадает в плен. Узнав об армии Дуку, магистр-джедай Мэйс Винду, взяв с собой несколько джедаев, отправляется на Геоносис. В это время сенатор Джар Джар Бинкс предлагает сенату дать канцлеру Палпатину особые полномочия, чтобы он мог послаать в битву недавно созданную армию клонов. На Геоносисе Граф Дуку пытается уговорить Оби-Вана присоединиться к нему, предупреждая, что большинство членов сената попали под влияние владыки ситховпо имени Дарт Сидиус. Оби-Ван не верит ему, возражая, что джедаи почувствовали бы это. Узнав, что Оби-Ван попал в беду, Энакин и Падме летят на Геоносис, но тоже попадают в плен, едва оставшись в живых на конвейерах фабрики дроидов. В плену Падме признаётся Энакину во взаимных чувствах. Вместе с Оби-Ваном, их выпускают на арену против трёх кровожадных монстров на потеху толпе и лидерам сепаратистов. В это время прибывает Мэйс Винду с джедаями. Однако они оказываются в ловушке - граф Дуку посылает против них дроидов, джедаи вступают в неравный бой. Когда поражение джедаев кажется неминуемым, прилетает Йодас армией клонов.

Битва за Геоносис.

Между армией клонов Республики и сепаратистской армией дроидов разгорается обширное сражение. Понимая, что перевес на стороне клонов, лидеры сепаратистов командуют общее отступление. Граф Дуку забирает чертежи "нового секретного оружия" (в которой угадывается Звезда Смерти. ) и пытается бежать, но Оби-Ван и Энакин следуют за ним в его ангар, где они ввязываются с ним в битву. Дуку наносит серьёзные ранения Оби-Вану и отрубает Энакину правую руку. В этот момент прибывает Йода и вступает с Дуку в сражение. Дуку, понимая, что проигрывает, сбрасывает на Энакина и Оби-Вана опорный столб, чтобы отвлечь Йоду, которому приходится прекратить сражение и использовать Силу, чтобы отбросить опору и тем самым спасти джедаев. Дуку улетает с Геоносиса на Корусант, где он сообщает о начале войны Дарту Сидиусу, который отвечает ему: «Всё идёт по плану, владыка Тиранус. Оби-Ван передаёт совету джедаев предупреждение Дуку о том, что Республикой управляет тёмный повелитель ситхов, но совет джедев, включая Йоду, не может в это поверить, настаивая на том, что тёмная сторона пытается внести страх и недоверие в Республику. Однако, Йода и Винду соглашаются, что тёмная сторона наступает, и им следует приглядывать за сенатом. На Набу Энакин получает механическую руку и в обстановке секретности женится на Падме, их единственными свидетелями становятся C-3POи R2-D2. В это время Палпатин отправляет армии клонов на войну. Начинаются Войны клонов…